マウスをクリックした箇所の座標を取得する場合、以下のように記述すると、クリックした位置を取得することができます。
　（以下は右クリックを押した時の例)

Private Sub Window1_MouseRightButtonDown(sender As Object, e As MouseButtonEventArgs) _
        Handles Me.MouseRightButtonDown

    Dim clientPoint = e.GetPosition(Me)
    Dim screenPoint = Me.PointToScreen(clientPoint)

    Debug.WriteLine("Client領域の座標(相対座標) {0}", clientPoint)
    Debug.WriteLine("Screen領域の座標(絶対座標) {0}", screenPoint)

End Sub